增值税一般纳税人销售农产品的增值税适用税率有11%、13%和17%三种，小规模纳税人按3%的征收率征收增值税。从2017年7月1日以前，农产品的增值税税率为13%； 从2017年7月1日起，农产品的增值税税率调整为11%。经过深加工的农产品增值税税率17%。
比如购进苹果进行简单清洗后对外销售，此时由于销售出去的还是初级农产品，因此按9%的扣除率进行计算抵扣，但如果是购进苹果加工成苹果罐头，由于苹果罐头税率为13%，这属于进行了深加工，所以按照10%的扣除率进行计算抵扣。
销售农产品增值税税率：增值税一般纳税人销售农产品的增值税适用税率有9%、13%（最新税率），小规模纳税人按3%的征收率征收增值税。从2017年7月1日以前，农产品的增值税税率为13%；从2017年7月1日起，农产品的增值税税率调整为11%。经过深加工的农产品增值税税率17%。
主要是保护农民利益，所以是低税率。从今年2020年7月1日起，将增值税税率由四档减至17%、11%和6%三档，取消13%这一档税率。将农产品、天然气等增值税税率从13%降至11%。对农产品深加工企业购入农产品维持原扣除力度不变，避免因进项抵扣减少而增加税负。
